Los hongos fitopatogenos son representados por los Phyllum: Basidiomycota, Zygomicota, Chytridiomycota y Ascomycota.
Las bacterias son representadas por: Erwinia, Pantoea, Xanthomonas, Xylophilus, Pseudomonas, Ralstonia, Acidovorax, Burkholderia, Rhizobacter, Agrobacterium, Clavibacter, Rhodoccocus, Xylella y Candidatus Liberibacter.
Las clases de nemátodos fitopatogenos más importantes son: Secernentea y Adenophorea, esta última muy importante ya que estos nemátodos son transmisores de virus.
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